微生物质谱鉴定的工作原理是将微生物具有种属特异性的核糖体蛋白建立质谱指纹数据库，通过采集未知菌的图谱与数据库的谱图进行比对，从而实现对微生物的种类鉴定，具有快、准、稳、省的优点。
目前,致病菌识别鉴定技术主要有传统的生化方法、基于DNA的扩增、杂交方法、基于蛋白和多糖的免疫学方法,生化方法一直被认为是鉴定菌株的金标准,但是任何一株菌都需要多项生化反应结果相互验证才能最终完成鉴定,即使现在的全自动生化鉴定系统鉴定菌株最少也需要4~5h，且全自动生化鉴定系统并不能覆盖鉴定工作中的所有微生物。
一、那么微生物质谱鉴定是如何实现对微生物进行检测的呢？
它是通过检测待测微生物核糖体蛋白的肽质量指纹图谱，并且将检测到的图谱与数据库中的微生物标准指纹图谱进行匹配检索，从而完成微生物鉴定的。
二、有哪些优势？
相对于传统鉴定方法，基于质谱的微生物鉴定方法具有鉴定速度快、通量高、准确性高、操作简单及成本低廉等显著优势。
三、对样本的要求：
待检样本必须是经培养基分离后的纯化菌落。临床微生物实验室常使用商品化培养基，包含哥伦比亚血琼脂、沙保氏葡萄糖琼脂培养基等。为了满足鉴定准确性的要求，须采用如表所示时间新鲜培养的菌株。
